佛言：慎勿信汝意，汝意不可信；慎勿与色会，色会即祸生；得阿罗汉已，乃可信汝意。

于是文殊师利菩萨在大众中，即从座起，顶礼佛足，右绕三匝，长跪叉手而白佛言：“大悲世尊，愿为此会诸来法众，说于如来本起清净因地法行，及说菩萨于大乘中发清净心，远离诸病，能使未来末世众生求大乘者，不堕邪见。” 作是语已，五体投地，如是三请，终而复始。 尔时，世尊告文殊师利菩萨言：“善哉！善哉！善男子，汝等乃能为诸菩萨咨询如来因地法行，及为末世一切众生求大乘者，得正住持，不堕邪见。汝今谛听，当为汝说。” 尔时，文殊师利菩萨奉教欢喜，及诸大众默然而听。 “善男子，无上法王有大陀罗尼门，名为圆觉。流出一切清净真如，菩提涅槃及波罗蜜，教授菩萨。一切如来本起因地，皆依圆照清净觉相，永断无明，方成佛道。 “云何无明？善男子，一切众生从无始来，种种颠倒，犹如迷人，四方易处；妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相。譬彼病目，见空中华及第二月。善男子，空实无华，病者妄执。由妄执故，非唯惑此虚空自性，亦复迷彼实华生处，由此妄有轮转生死，故名无明。善男子，此无明者，非实有体。如梦中人，梦时非无，及至于醒，了无所得。如众空华，灭于虚空，不可说言有定灭处。何以故？无生处故。一切众生于无生中，妄见生灭，是故说名轮转生死。 “善男子，如来因地修圆觉者，知是空华，即无轮转，亦无身心受彼生死。非作故无，本性无故。彼知觉者，犹如虚空。知虚空者，即空华相。亦不可说无知觉性。有无俱遣，是则名为净觉随顺。 “何以故？虚空性故，常不动故，如来藏中无起灭故，无知见故。如法界性，究竟圆满遍十方故。是则名为因地法行。菩萨因此于大乘中，发清净心。末世众生依此修行，不堕邪见。” 尔时，世尊欲重宣此义而说偈言： 文殊汝当知，一切诸如来， 从于本因地，皆以智慧觉，了达于无明。 知彼如空华，即能免流转， 又如梦中人，醒时不可得。 觉者如虚空，平等不动转， 觉遍十方界，即得成佛道。 众幻灭无处，成道亦无得，本性圆满故。 菩萨于此中，能发菩提心。 末世诸众生，修此免邪见。

曼殊室利！彼佛世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。 第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然，照耀无量无数无边世界。以三十二大丈夫相、八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。 第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓；随意所趣，作诸事业。 第三大愿：愿我来世得菩提时．以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。 第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。 第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中，修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒；设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。 第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得，端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。 第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家．贫穷多苦；我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。 第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。 第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习，诸菩萨行，速证无上正等菩提。 第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所加。缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。 第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之。 第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。 曼殊室利，是为彼世尊药师琉璃光如来应正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。